控所有军队统制训练、番卫戍守、迁补赏罚，五军之间互不隶属，每军统辖大约二十个卫所。五军都督直接隶属于天子。拥有统兵权，但无调兵权。
    而枢密院负责制订战略决策，处理防卫事务，并负责招募、检阅、调遣军队。参谋院拥有调兵权，不过没有统兵权。
    而兵部经过改制后，所有的重要权柄全都分给五军都督府和枢密院，兵部将只负责武将的考选，主管团结兵、乡兵，管理仪仗、车驾，协调户部调拨军粮、军饷，负责后勤与装备。处理的是行政与后勤工作。
    而按新规定，握兵权则掌握在皇帝的手上。每次军队出征，将由天子和各军事机构商议后任命将领统兵。且规定各军统帅还得实行更戍法和轮调法，将领领兵最多三年，就须更换将领。而士兵戍卫三年满，也须轮调戍地。
    总之原来军事机构中权柄最高的兵部，突然之间权利尽分给了枢密院和五军都督府，兵部只成了负责行政与后勤事务的清水衙门。新成立的枢密院，拥有调兵权，却没有统兵权。五军都督府则相当于唐朝的十二卫，拥有统兵权，却没有调兵权。天子亲自握兵权，军队出征时，统帅由皇帝任命。
    而在这一个统兵权、握兵权、调兵权三权分立的情况下，地方上的行省都
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