最高军事机关，掌管全国卫所军籍。而征讨、镇戍、训练等则听命于兵部。遇有战事，兵部奉皇帝旨意调军，任命领兵官，发给印信，率领从卫所调发的军队出征。战争结束，领兵官缴印于朝廷，官军则各回卫所驻屯。
    这种“统军权”与“调军权”分离，以及“将不专军、军不私将”的制度，旨在保证明朝皇帝能对全国军队的绝对控制。在地方，朱元璋设立了“都指挥使司”简称“都司”，设置“指挥使”，为地方最高统兵长官。
    “都司”之下，在冲要地区的“府”包括“直辖州”、县（州）置“卫”或设“所”。一般的“卫”，由“卫指挥使”率领,所辖5个“千户所”，共5600人组成；“千户所”由“千户率领”，辖10个“百户所”，共1120人，而“百户所”由“百户”带领，辖2个“总旗”，共112人；“总旗”辖5个“小旗”，共50人；“小旗”10人。
    到了洪武二十六年(西元1393年)，确定全国“都司”、“卫所”数量，共设“都司”17个、“行都司”3个、“留守司”1个、“内外卫”329个、“守御千户所”65个。这时，明朝的常备兵总人数达到了270余万，实力强大！
    与此同时，明朝军队分为“京军”亦称
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