青龙、白虎、朱雀共同代表著东南西北四个方位；玄武为“北方之神”，玄武湖在燕雀湖之北，故又稱“北湖”，且在金陵城北。秦時置秣陵縣而稱“秣陵湖”。漢時秣陵都尉蔣子文葬於湖畔，蔣神受到崇拜，吳王孫權引水入宮苑後湖及周邊沼澤濕地，改稱“蔣陵湖”。
    六朝時曾在此操練和檢閱水兵，故曾稱“練湖”等；在鸡鸣山背后，又曾為宮廷後花園，故又曾稱“後湖”。六朝時又稱昆明湖等。南朝宋孝武大明三年在湖南邊設樂游苑，湖北邊建西苑，梁時西苑改稱上林苑；宋文帝時疏浚湖泊，形成了蓬萊、方丈、瀛洲三島，又稱“三神山”，或謂即今梁洲、環洲、櫻洲。民国元年辟为公园，因湖中有五洲，象征世界五大洲，故名五洲公园，今称玄武湖公园。现免费开放。
    玄武湖曾两度遭到浩劫，一次发生在隋文帝时，另一次则发生在宋神宗在位时。隋文帝灭南陈之后，曾下令将南京城夷平，玄武湖因此首度消失两百多年；宋神宗时，王安石调任江宁府尹，提出“废湖还田”，南京城因此常遇雨成灾，元朝疏浚之后获得改善。民国初年，玄武湖一度改名五洲公园。人民共和国成立后不久进行整治，再度改回玄武湖。除经常更换名称外，玄武湖忽大忽小，时有时无的行列经历，如此多变
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