朝使臣、对倭寇之事也不管。加上明朝庭单方面认为，曰本国使臣掺和了胡惟庸谋逆案。太祖大为光火，一度威胁要征伐曰本国。
    但最后可能明朝考虑海路太远，加上元军征伐曰本国失败的前车之鉴，两国终未发生战争。但关系中断。
    洪武末期，曰本国的北朝势力首领、源义满攻灭南朝，开始逐步统一曰本国。明朝庭的信息有滞后，仍然以为南朝“怀良”是统治者，所以认为自称“曰本征夷将军源义满”的人级别不够，没资格与大明通使，所以拒绝了源义满的朝贡请求。
    建文年间，明朝庭终于大概搞清楚了状况。建文朝廷的大臣们明白了，原来甚么将军才是曰本国的当权者！于是皇帝册封源义满为曰本国王，再次要求曰本国打击海盗、取缔倭寇。
    但随后大明发生了“靖难之役”，两国交往的文书也找不到了。这段时间的曰本邦交，朱高煦便不甚了解了。
    永乐初，明日两国重新建立关系，源义满对永乐皇帝的态度、比怀良更加恭顺，依照明朝庭的请求，发兵讨伐了倭寇。两国开始勘合贸易。
    随后大明再度爆发内|战，即朱高煦起兵的“伐罪之役”；两国关系再度中断。等朱高煦登基时，这个比较仰慕倾向大明的源义满，却死掉
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