家学渊源，博采众长，主张中西合璧，儒、释、道三教归一。
    一生著述400余万言，多有散佚，存世作品数十种，内容涉及文、史、哲、地、医药、物理。
    其所著《物理小识》对于光和声的波动性的认识，远较前人为强。
    书中提出了被我们称之为“气光波动说“的朴素光波动学说，方以智并在此基础上阐释了他的“光肥影瘦“主张，认为光在传播过程中，总要向几何光学的阴影范围内侵入，使有光区扩大，阴影区缩小。
    他并据此批驳了传教士，有关太阳直径将近有日地距离三分之一大的说法。这些，都是前无古人的学术贡献。
    另外，《物理小识》关于光的色散、反射和折射，关于声音的发生、传播、反射、共鸣、隔音效应，关于物质的比重、关于磁效应等诸多问题的记述和阐发，都是极其出色的。
    后传入日本，为日本学者争相研读。此书并影响到日本学者把“物理学“作为Physics的译名，最后又传回中国。
    不过此时，他却没有那么大的成就和声望，他此时年方十四，徒步到数百里外的考场参加会试，以此来磨炼意志（史料记载）。
    经过怀远的时候，于是有了如今和熊廷弼见面的情由
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