一上任，他便开始整治手下的御史队伍，立上一本奏曰：‘朝廷设风宪，所以重耳目之寄，严纪纲之任。近年以来，未尽得人，妄逞威福，是非倒置，风纪废弛。臣请将阖院御史尽数开革；令各部院、各承宣布政使司重新保举，务要堂上官开具实行，移咨吏部，审察不谬，方可任用。其后有犯赃及不称职，举者同罪！”也就是说，将都察院一百多名御史全都解职，然后令中央地方各大员重新保举，且在任用后，如果出现犯赃或者不称职，举荐的人将同罪论处。
    如此激进的方法，不要说嘉靖了，就连徐阶也不能答应，直接将其奏本打回，命其重拟方案，并要求‘缓一点’、‘轻一点’，刘焘修改后，又被打回，又修改、再打回，如是再三，他终于忍无可忍了，直接找到徐阶道：“这是最后的方案了，如果不答应，我就不干了。”
    徐阶知道他说到做到，也不想打击他的积极性，终于同意了他最新方案——设一年考核期，综合考量查实的弹劾数目，以及涉案官员的分量，为所有御史排定名次，前三分之一者，将移文吏部予以晋升，后三分之一者，将以不称职弹劾，绝不姑息。同时命各部院、各布政使司，举荐合适人选，并将其表现，计入推荐者的考核中。
    在徐阁老的努力下，这
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