南京登基，此时的蒙古已经成为了“边患”，而不再是前一王朝残余势力。因此刚刚登上皇位的朱棣，对于鬼力赤表示了极大的友好，承认了他对于蒙古各部的宗主权。
    但这个叛变的大汗地位并没有保持多久，很快被被阿苏特部阿鲁台和卫拉特部马哈木的联军打败。阿苏特部是蒙古化了的伊朗人，起源于高加索，因蒙古帝国西征而进入四川、蒙古高原，元朝时期，有几个军团全由他们组成。而卫拉特部是森林蒙古人中的一个强大的部落，在成吉思汗时代被称为“林木中百姓”，主要定居在贝加尔湖西岸。
    阿鲁台和马哈木都不想成为蒙古帝国的大汗，他们最为希望的还是自己的部族于蒙古人之外而获得外部承认，因此，在打败鬼力赤后，便表示效忠明朝，证明自己不同于其他争夺蒙古帝国汗位的部族。这样的结果是朱棣最想要的，所以整个明朝给了他们极大的支持。依靠这种支持，卫拉特部将其势力范围扩张成从贝加尔湖西岸到额尔齐斯河上游的整个西蒙古地区。
    然而，阿苏特部和卫拉特部对于蒙古中部和东部控制都没能长久，鬼力赤之子额色库重新崛起，要与阿鲁台和马哈木争夺大汗宝座，双方进行了十几年的战争，到永乐元年，残元末代皇帝额勒伯克之子本雅失里复辟
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